- Le coût d’installation est important, surtout dans une optique de production intensive.
- Les systèmes aquaponiques peuvent être très énergivores à grande échelle.
- La rentabilité de l’aquaponie n’est pas encore démontrée. Pour les systèmes commerciaux existants, on estime qu’il faut une taille de 1000m2 pour être rentable.
- En France, l’aquaponie souffre encore d’un manque d'expertise scientifique, notamment sur les types de végétaux pouvant être cultivés ou le juste équilibre entre poissons et végétaux.